Le gouvernement de Mussolini accuse les États-Unis d'avoir largué les bombes, et la presse fasciste accuse les Alliés.
Dans un livre publié en 2010, l'auteur Augusto Ferrara a publié une documentation qui montre que, immédiatement après l'attentat, la Secrétairerie d'État a ouvert une enquête sur la source de l'attentat et a envoyé des lettres demandant des explications à l'Allemagne, aux États-Unis et à la Grande-Bretagne. La faute du raid a été niée par les trois.
Mais l'enquête a révélé que les bombes avaient été larguées à partir d'un avion S.79 fourni par la République sociale italienne, qui avait décollé de l'aéroport de Viterbe, à environ 50 miles au nord de Rome.
Documentation en langue italienne, intitulée "1943. Bombe sul Vaticano" montre que le bombardement a été ordonné par Roberto Farinacci, un politicien fasciste et conseiller de Mussolini qui voulait détruire Radio Vatican parce qu'il pensait qu'elle transmettait des informations militaires à "l'ennemi".
Le dimanche suivant l'attentat, le Vénérable Pie XII s'est adressé à la population sur la place Saint-Pierre, expliquant ce qui s'était passé et qu'une enquête était en cours. Mais lorsqu'il s'est avéré qu'il s'agissait probablement d'un chef fasciste, il a demandé qu'il ne soit pas publié dans les journaux, car l'Italie était encore en guerre.
Après le raid du 5 novembre, le Vatican fut de nouveau frappé, le 1er mars 1944, lorsqu'un avion britannique lâcha accidentellement ses bombes trop près et frappa le mur du Vatican, tuant un ouvrier du Vatican et blessant un religieux, en plus de briser les fenêtres de l'édifice de la Congrégation pour la Doctrine de la foi.
En mai 1943, après que les premières bombes eurent été larguées sur Rome par les forces alliées, le Vénérable Pie XII avait écrit au Président américain Franklin Roosevelt pour lui demander, autant que possible, d'épargner à Rome « d’autres souffrances et destructions » et de préserver les précieux sanctuaires de Rome « d'irréparables ruines ».
Roosevelt répondit le 16 juin 1943 : « Les attaques contre l'Italie sont limitées, dans la mesure du possible, à des objectifs militaires ».
« Au cas où il serait nécessaire que les avions alliés survolent Rome, nos aviateurs sont parfaitement informés de l'emplacement du Vatican et ont reçu des instructions spécifiques pour empêcher les bombes de tomber dans la Cité du Vatican. »
Malgré cela, de lourds raids furent menés sur Rome avant qu'elle ne soit capturée par les Alliés le 4 juin 1944. Parmi ceux-ci, il y a eu le bombardement dévastateur du 19 juillet 1943, au cours duquel des milliers de civils ont été tués.
