Il fut sauvé de justesse à deux reprises de ce qui semblait être une mort certaine - une fois après avoir instinctivement prononcé une prière à la Vierge Marie après être tombé blessé en territoire ennemi ; et une autre fois, lorsqu'il fut faussement suspecté de vol et presque exécuté mais pour l'intervention d'un autre soldat.
De tels événements ont pesé lourdement sur lui, et lorsque son régiment a été dissous, il a décidé de changer de vie - en commençant par un pèlerinage à la cathédrale espagnole de Saint-Jacques-de-Compostelle sur le "Chemin de Saint-Jacques". Là, il a confessé ses péchés et s'est engagé à vivre une vie de repentance.
Peu de temps après, il est retourné au Portugal et a découvert ce qu'étaient devenus ses parents. Sa mère était morte, le cœur brisé, après la perte de son fils, après quoi son père était devenu moine franciscain.
À 42 ans, John est retourné en Espagne et a repris presque là où il s'était arrêté 20 ans plus tôt, en travaillant à nouveau comme berger. Cette fois, cependant, il s'est engagé à vivre la foi en Dieu qu'il avait retrouvée.
Il se rendit brièvement en Afrique du Nord, où il chercha à aider les chrétiens qui avaient été réduits en esclavage par les musulmans. Mais il finit par retourner en Espagne et s'installe pour un temps dans la vente de livres religieux et d'autres marchandises, encourageant toujours ses clients à vivre leur foi sincèrement. La réputation de Saint Jean de Dieu comme patron des libraires provient de cette période de sa vie.
Plus tard, cependant, il s'est senti obligé de se consacrer entièrement au service des pauvres, des malades et des personnes vulnérables. Il leur a ouvert sa maison - lui permettant de devenir à la fois un hôpital, un refuge pour sans-abri et une maison de transition, entièrement gérée par Jean lui-même. Lorsqu'il n'était pas en train de panser les occupants blessés ou d'interrompre les combats entre eux, il sortait mendier en leur nom.
L'évêque de Grenade approuva son travail et lui donna le nom de "Jean de Dieu". Un groupe de volontaires est venu l'accompagner dans son travail, beaucoup d'entre eux étant d'abord venus à lui alors qu'ils étaient eux-mêmes dans le besoin.
D'autres, qui n'appréciaient pas son travail, attaquèrent la réputation de Jean en se concentrant sur ses péchés passés - mais Jean, inébranlable dans son humilité, reconnaissait la vérité de ce qui était dit, comme un témoignage de la grâce de Dieu dans sa vie. Un jour, il a proposé de payer une femme pour qu'elle raconte à toute la ville ce qu'elle avait dit de lui en privé.
John a servi les malades et les pauvres pendant 15 ans avant de rencontrer sa mort par un acte de charité. Il a sauté dans une rivière gelée et a réussi à sauver un homme qui se noyait, mais il est rentré à la maison tremblant et affaibli par l'épreuve. Il s'est allongé dans un de ses propres lits d'hôpital, où son état s'est encore dégradé.
L'évêque de Grenade est venu lui administrer les derniers sacrements. Alors que l'évêque le préparait à la mort, John exprima un certain nombre d'inquiétudes.
