Charles Lwanga, 25 ans, un homme entièrement dévoué à l'instruction chrétienne des jeunes garçons, devint le page en chef, et les protégea tout aussi énergiquement des avances du roi.
La nuit du martyre de Joseph Mukasa, réalisant que leurs propres vies étaient en danger, Lwanga et quelques autres pages se rendirent chez les Pères Blancs pour recevoir le baptême. Cent autres catéchumènes ont été baptisés dans la semaine qui a suivi la mort de Joseph Mukasa.
Au mois de mai suivant, le roi Mwanga apprend que l'un des garçons apprend le catéchisme. Il est furieux et ordonne d'interroger tous les pages pour séparer les chrétiens des autres. Les chrétiens, 15 en tout, âgés de 13 à 25 ans, se sont avancés. Le Roi leur demanda s'ils étaient prêts à garder leur foi. Ils ont répondu à l'unisson : "Jusqu'à la mort !".
Ils furent liés ensemble et emmenés pour une marche de deux jours jusqu'à Namugongo où ils devaient être brûlés sur le bûcher. En chemin, Matthias Kalemba, l'un des garçons les plus âgés, s'est exclamé : "Dieu me sauvera. Mais vous ne verrez pas comment il le fera, car il prendra mon âme et ne vous laissera que mon corps." Les bourreaux l'ont coupé en morceaux et l'ont laissé mourir seul sur la route, ce qui a duré au moins trois jours.
Lorsqu'ils sont arrivés à l'endroit où ils devaient être brûlés, ils sont restés attachés ensemble pendant sept jours pendant que les bourreaux préparaient le bois pour le feu.
Le 3 juin 1886, jour de la fête de l'Ascension, Charles Lwanga est séparé des autres et brûlé sur le bûcher. Les bourreaux lui brûlèrent lentement les pieds jusqu'à ce qu'il ne reste plus que la partie carbonisée. Encore vivant, ils lui promirent de le laisser partir s'il renonçait à sa foi. Il a refusé en disant : "Vous me brûlez, mais c'est comme si vous versiez de l'eau sur mon corps." Il a alors continué à prier en silence alors qu'ils l'enflammaient. Juste avant que les flammes n'atteignent son cœur, il a levé les yeux et a dit d'une voix forte : "Katonda ! - Mon Dieu !" et est mort.
Ses compagnons ont tous été brûlés ensemble le même jour, tout en priant et en chantant des hymnes jusqu'à leur mort.
Il y avait 24 protomartyrs en tout. Le dernier des protomartyrs, un jeune homme nommé John Mary, a été décapité par le roi Mwanga le 27 janvier 1887.
Les persécutions se sont étendues pendant le règne de Mwanga, avec 100 chrétiens, catholiques et protestants, torturés et tués.
Saint Charles Lwanga est le saint patron de l'Action catholique de la jeunesse africaine.
